Динамические характеристики ДНК

Исследование динамических характеристик ДНК: специфическое расщепление ДНК ультразвуком и компьютерное моделирование

  • Специфичность расщепления ДНК ультразвуком. Гроховский С.Л. pdf-файл, 0.5 Mb.
  • Характер ультразвукового воздействия на молекулу ДНК. Магистерский диплом Воробьева Е.А. (МФТИ). Доклад - ppt-файл, 3.9 Mb.
  • Магисторский диплом Воробьев Е.А. (МФТИ). doc-файл, 1.2 Mb.
  • Моделирование распространения возмущения по ДНК с учетом неоднородностей. Нечипуренко Д.Ю. Кафедра биофизики, физический факультет МГУ. Курсовая работа. Доклад - ppt-файл, 0.6 Mb.
  • Анализ и моделирование расщепления ДНК ультразвуком. Дипломная работа студента 6 курса Нечипуренко Дмитрия Юрьевича. МГУ им.М.В.ЛОМОНОСОВА. Физический факультет. Кафедра биофизики. (DOC-файл, 4MB).
    Защита дипломной работы. (ppt-файл, 8MB)
    •

    Сопроводительные материалы к статье С.Л. Гроховского, И.А. Ильичевой, Д.Ю. Нечипуренко, Л.А.Панченко, Р.В.Полозова, Ю.Д. Нечипуренко. "Локальные неоднородности структуры и динамики двухспиральной ДНК: исследование при помощи ультразвука." Биофизика, т.53, вып.3, стр. 417-425. (2008).

  • Относительные частоты разрыва ультразвуком ди- и тетрануклеотидов

    • Разработка программ для анализа полиакриламидных гелей высокого разрешения

  • Общая постановка задачи.
  • Опыт работы с программой ''SAFA'' для полуавтоматического анализа гелей высокого разрешения.
  • Описание программы GelDroog для анализа гелей с ручной корректировкой треков.
  • Программное обеспечение для анализа образов электрофореза ДНК. Дипломная работа Ергебекова С.М. (МФТИ). ppt-файл, 0.2 Mb.

    • Обзоры литературы:

  • Экспрессия промотора гена MMTV.

  • Список печатных работ С.Гроховского
  • Архив фотографий Института Молекулярной Биологии
  • Видеофайлы divx avi

    • Работы финансировались грантами РФФИ:

  • 01-03-32669-а: Гроховский С.Л. ''Разработка методов металлизации разветвленных цепей ДНК для создания элементов электронных схем нанометрового размера.''

  • 04-04-49364-a: Гроховский С.Л. ''Низкомолекулярные репрессоры и активаторы транскрипции гормон-зависимых генов.''

  • 07-04-01031-а: Гурский Г.В. ''Структурные исследования хеликазной активности инициаторного белка UL9 вируса герпеса и конструирование новых типов противовирусных лекарственных агентов''

  • 08-04-01739-а: Гроховский С.Л. Локальные неоднородности структуры и динамики двухспиральной ДНК: исследование при помощи ультразвука. 2008 - 2010 год.

    • ИМБ РАН.'' Москва.

    Файлы для конфиденциального обмена.

  • Исходные текстовые файлы расщепления фрагментов в присутствии разных концентраций Hg2+
  • Исходные текстовые файлы расщепления фрагментов в присутствии разных концентраций Ag+
  • Исходные текстовые файлы расщепления фрагментов в присутствии разных концентраций Cu2+

    • Формат исходных файлов для каждого проанализированного геля (meNN) от софы (данные через строки или запятые):

    1 - название геля: номер, число или номер геля (default.xxx)
    2 - название последовательности
    3 - число дорожек на геле (LANE)
    4 - анализируемая дорожка без лиганда (LANEAN)
    5 - число анализируемых полос (нуклеотидов) = SEQ1
    6 - номер первого анализируемого нуклеотида с 5'-конца = SEQ2
    7 - анализируемая дорожка с лигандом
    8 - последовательность всего фрагмента с запятыми - в конце ноль
    9 - данные SAFA для всех дорожек с запятыми и переводом строки после каждого нуклеотида.

    Файлы meNN.txt - после обработки каждого файла NN окном в 31 нуклеотид - в начале файла повтор пунктов 1-9, только данные от софы соотнесены с анализируемой последовательностью, уменьшены в 100 раз и округлены до целого. Потом приведены данные для дорожек без и с Me: сначала максимальные и минимальные значения для этих двух дорожек, потом картинки относительных интенсивностей и значения для динуклеотидов этих дорожек.
    В файлах SUM-ALL.TXT суммированы данные для всех динуклеотидов при данной концентрации Me

  • Рисунок 1 для статьи в Биофизике

  • Рисунок 6 для статьи в Биофизике

    • (Последние исправления - 23.11.2009)

    TopList