Динамические характеристики ДНК

Структурно-динамические характеристики ДНК: специфическое расщепление ДНК ультразвуком и компьютерное моделирование

  • Специфичность расщепления ДНК ультразвуком. Гроховский С.Л. pdf-файл, 0.5 Mb.

  • Характер ультразвукового воздействия на молекулу ДНК. Магистерский диплом Воробьева Е.А. (МФТИ). Доклад - ppt-файл, 3.9 Mb.

  • Магисторский диплом Воробьев Е.А. (МФТИ). doc-файл, 1.2 Mb.

  • Моделирование распространения возмущения по ДНК с учетом неоднородностей. Нечипуренко Д.Ю. Кафедра биофизики, физический факультет МГУ. Курсовая работа. Доклад - ppt-файл, 0.6 Mb.

  • Анализ и моделирование расщепления ДНК ультразвуком. Дипломная работа студента 6 курса Нечипуренко Дмитрия Юрьевича. МГУ им.М.В.ЛОМОНОСОВА. Физический факультет. Кафедра биофизики. (DOC-файл, 4MB).
    Защита дипломной работы. (ppt-файл, 8MB)

  • S.L.Grokhovsky, I.A.Il’icheva, D.Yu.Nechipurenko, L.A.Panchenko, R.V.Polozov, and Yu.D.Nechipurenko. Ultrasonic Cleavage of DNA: Quantitative Analysis of Sequence Specificity. ISSN 0006-3509, Biophysics, Vol. 53, No. 3, pp. 250–251. (2008).

  • Dmitry Yu. Nechipurenko, Mikhail V. Golovkin, Sergej L. Grokhovsky, Irina А. Il'icheva, Larisa A. Panchenko, Robert V. Polozov, Yurii D. Nechipurenko. MECHANICAL PROPERIES OF DNA LOCAL STRUCTURE: ULTRASOUND STUDIES. The Second Saint-Petersburg International Conference on NanoBiotechnologies. Russia Saint-Petersburg June, 16-18 2008.

  • Нечипуренко Ю.Д., Головкин М.В., Нечипуренко Д.Ю., Ильичева И.А., Панченко Л.А., Полозов Р.В., Гроховский С.Л. Характерные особенности расщепления ДНК ультразвуком. Журнал структурной химии. Том 50, No5. стр.1040-1047 (2009). - D. Nechipurenko, M. V. Golovkin, D. Yu. Nechipurenko, I. A. Il’icheva, L. A. Panchenko, R. V. Polozov, and S. L. Grokhovskii. Characteristics of ultrasonic cleavage of DNA. Journal of Structural Chemistry. Vol. 50, No. 5, pp. 1007-1013, (2009).

  • Nechipurenko D.Yu., Il'icheva I.A., Golovkin M.V., Panchenko L.A., Polozov R.V., Nechipurenko Yu.D., Grokhovsky S.L. «Ultrasonic cleavage analysis: a novel approach to study the sequence effects on DNA structural dynamics» Abstracts of An International Symposium on “Solvation and Ionic Effects in Biomolecules: Theory and Experiment” Tsakhkadzor, Armenia 17-21 May. (2010). 

  • Панченко Л.А., Ильичева И.А., Нечипуренко Ю. Д., Нечипуренко Д.Ю., Полозов Р.В., Гроховский С.Л.  Исследование структуры и динамики ДНК при помощи ультразвука. Доклад на Международная научная конференция "Василий Васильевич Налимов - математик и философ", 9-10 ноября,  МГУ, Москва. (2010)

  • Sergei L. Grokhovsky, Irina А. Ilicheva, Dmitry Yu. Nechipurenko, Michail V. Golovkin, Larisa A. Panchenko, Robert V. Polozov, Yury D. Nechipurenko. Sequence-Specific Ultrasonic Cleavage of DNA. Biophysical Journal, Volume 100, Issue 1. 117-125 (2011).

  • Supplementary materials for paper ''Sergei L. Grokhovsky, Irina А. Ilicheva, Dmitry Yu. Nechipurenko, Michail V. Golovkin, Larisa A. Panchenko, Robert V. Polozov, Yury D. Nechipurenko. Sequence-Specific Ultrasonic Cleavage of DNA. Biophysical Journal, Volume 100, Issue 1. 117-125 (2011).''

  • I.A. Il'icheva, D.Yu. Nechipurenko, S.L. Grokhovsky. Ultrasonic Cleavage of Nicked DNA. J. Biomol. Struct. Dyn. 27 (3): p.391-398 (2009).
    Supplementary materials for this paper.

    • Сопроводительные материалы к статье С.Л. Гроховского, И.А. Ильичевой, Д.Ю. Нечипуренко, Л.А.Панченко, Р.В.Полозова, Ю.Д. Нечипуренко. "Локальные неоднородности структуры и динамики двухспиральной ДНК: исследование при помощи ультразвука." Биофизика, т.53, вып.3, стр. 417-425. (2008).
    Относительные частоты разрыва ультразвуком ди- и тетрануклеотидов

    Разработка программ для анализа полиакриламидных гелей высокого разрешения

  • Общая постановка задачи.
  • Опыт работы с программой ''SAFA'' для полуавтоматического анализа гелей высокого разрешения.
  • Описание программы GelDroog для анализа гелей с ручной корректировкой треков.
  • Программное обеспечение для анализа образов электрофореза ДНК. Дипломная работа Ергебекова С.М. (МФТИ). ppt-файл, 0.2 Mb.
  • Головкин М.В., Нечипуренко Д.Ю., Ильичева И.А., Панченко Л.А., Полозов Р.В., Гроховский С.Л., Нечипуренко Ю.Д. Математические методы анализа электрофоретических картин расщепления ДНК. Компьютерные исследования и моделирование (2009), 1, №3, 287–295.

    • Обзор литературы:

  • Экспрессия промотора гена MMTV.

  • Список печатных работ С.Гроховского

  • Архив фотографий Института Молекулярной Биологии
  • Видеофайлы divx avi
  • Звучание последовательностей ДНК

    • Работы финансировались Московским Центром медицинских исследований Университета Осло (1995-2005) и грантами РФФИ:

  • 98-04-49220-а: Гроховский С.Л. ''Новые ингибиторы ДНК топоизомеразы I человека. Конструирование, структурно-функциональный анализ и молекулярные механизмы взаимодействия с мишенью in vitro и в опухолевых клетках'' (1998 - 2000)

  • 01-03-32669-а: Гроховский С.Л. ''Разработка методов металлизации разветвленных цепей ДНК для создания элементов электронных схем нанометрового размера'' (2001 - 2003)

  • 04-04-49364-a: Гроховский С.Л. ''Низкомолекулярные репрессоры и активаторы транскрипции гормон-зависимых генов'' (2004 - 2006)

  • 07-04-01031-а: Гурский Г.В. ''Структурные исследования хеликазной активности инициаторного белка UL9 вируса герпеса и конструирование новых типов противовирусных лекарственных агентов'' (2007 - 2009)

  • 08-04-01739-а: Гроховский С.Л. ''Локальные неоднородности структуры и динамики двухспиральной ДНК: исследование при помощи ультразвука.'' (2008 - 2010)

  • 11-04-02001-а: Гурский Г.В. ''Cпецифичные ДНК-белковые комплексы как мишени для конструирования и действия новых типов селективных ингибиторов репликации вирусной ДНК'' (2011 - 2013 )

    • ИМБ РАН.'' Москва.

    Файлы для конфиденциального обмена.

  • Исходные текстовые файлы расщепления фрагментов в присутствии разных концентраций Hg2+
  • Исходные текстовые файлы расщепления фрагментов в присутствии разных концентраций Ag+
  • Исходные текстовые файлы расщепления фрагментов в присутствии разных концентраций Cu2+

    • Формат исходных файлов для каждого проанализированного геля (meNN) от софы (данные через строки или запятые):

    1 - название геля: номер, число или номер геля (default.xxx)
    2 - название последовательности
    3 - число дорожек на геле (LANE)
    4 - анализируемая дорожка без лиганда (LANEAN)
    5 - число анализируемых полос (нуклеотидов) = SEQ1
    6 - номер первого анализируемого нуклеотида с 5'-конца = SEQ2
    7 - анализируемая дорожка с лигандом
    8 - последовательность всего фрагмента с запятыми - в конце ноль
    9 - данные SAFA для всех дорожек с запятыми и переводом строки после каждого нуклеотида.

    Файлы meNN.txt - после обработки каждого файла NN окном в 31 нуклеотид - в начале файла повтор пунктов 1-9, только данные от софы соотнесены с анализируемой последовательностью, уменьшены в 100 раз и округлены до целого. Потом приведены данные для дорожек без и с Me: сначала максимальные и минимальные значения для этих двух дорожек, потом картинки относительных интенсивностей и значения для динуклеотидов этих дорожек.
    В файлах SUM-ALL.TXT суммированы данные для всех динуклеотидов при данной концентрации Me

    (Последние исправления - 28.11.2011)